1.備案申請保稅
經(jīng)國家批準(zhǔn)的保稅區(qū)域，包括保稅區(qū)、出口加工區(qū)從境外運入?yún)^(qū)內(nèi)儲存、加工、裝配后復(fù)運出境的貨物，已經(jīng)整體批準(zhǔn)保稅，備案階段與報關(guān)階段和并，省略了按照每一個合同或每一批貨物備案申請報稅的環(huán)節(jié)。
經(jīng)國家批準(zhǔn)的保稅倉庫，在每一批貨物進(jìn)境入庫之前必須按照每一批貨物為單位進(jìn)入備案申請報稅的環(huán)節(jié)：倉庫經(jīng)營人向主管海關(guān)提出保稅申請，主管海關(guān)審核后批準(zhǔn)保稅，倉庫經(jīng)營人憑海關(guān)批準(zhǔn)報稅的單證辦理申報貨物進(jìn)境入庫手續(xù)。
加工貿(mào)易進(jìn)口料件，包括來料加工、進(jìn)料加工、外商投資企業(yè)履行產(chǎn)品出口合同、保稅工廠、保稅集團(tuán)進(jìn)口料件，則必須按照每一個合同為單位進(jìn)入備案申請報稅階段。加工貿(mào)易進(jìn)口料件備案批準(zhǔn)報稅階段的具體環(huán)節(jié)是：企業(yè)合同備案、海關(guān)批準(zhǔn)保稅、設(shè)立或不設(shè)立銀行臺帳、海關(guān)核發(fā)《手冊》。
2.進(jìn)出境報關(guān)
所有經(jīng)海關(guān)批準(zhǔn)保稅的貨物，包括區(qū)域保稅貨物、倉儲保稅貨物和加工貿(mào)易經(jīng)海關(guān)批準(zhǔn)準(zhǔn)予保稅的貨物，在進(jìn)出境時都必須和其他貨物一樣進(jìn)入進(jìn)出境報關(guān)階段;與一般進(jìn)出口貨物報關(guān)階段不同的是，保稅貨物暫緩納稅，不進(jìn)入納稅環(huán)節(jié)，但應(yīng)當(dāng)收取監(jiān)管手續(xù)費。
進(jìn)出境報關(guān)階段的具體環(huán)節(jié)是：申報、配合查驗、繳納或免納監(jiān)管手續(xù)費、提取貨物或裝運貨物。
3.報核申請結(jié)案
報核申請結(jié)案階段的具體環(huán)節(jié)是：企業(yè)報核、海關(guān)受理、實施核銷、結(jié)關(guān)銷案。
所有經(jīng)海關(guān)批準(zhǔn)保稅的貨物，包括區(qū)域保稅貨物、倉儲保稅貨物和加工貿(mào)易經(jīng)海關(guān)批準(zhǔn)準(zhǔn)予保稅的貨物，都必須按規(guī)定由保稅貨物的經(jīng)營人向主管海關(guān)報核，海關(guān)受理報核后進(jìn)行核銷，核銷后視不同情況，分別予以結(jié)關(guān)銷案：
① 區(qū)域保稅貨物因為沒有規(guī)定具體的保稅期限，所以最終的結(jié)案應(yīng)當(dāng)以進(jìn)區(qū)貨物最終全部出境或出區(qū)辦結(jié)海關(guān)手續(xù)為結(jié)案標(biāo)志。本期核銷該批報稅貨物沒有全部出境或出區(qū)辦結(jié)海關(guān)手續(xù)的，則不能結(jié)案，結(jié)轉(zhuǎn)到下期繼續(xù)監(jiān)管，直到能夠結(jié)案。
② 倉儲保稅貨物應(yīng)當(dāng)以該貨物在規(guī)定的保稅期限內(nèi)最終全部出境或出庫辦結(jié)海關(guān)手續(xù)為結(jié)案標(biāo)志。每月報核一次。本期核銷該批報稅貨物沒有全部出境或出庫辦結(jié)海關(guān)手續(xù)的，則不能結(jié)案，結(jié)轉(zhuǎn)到下期繼續(xù)監(jiān)管，直到能夠結(jié)案或者到期變賣處理。
③ 加工貿(mào)易經(jīng)海關(guān)批準(zhǔn)準(zhǔn)予保稅的貨物應(yīng)當(dāng)以該加工貿(mào)易合同項下產(chǎn)品在規(guī)定期限內(nèi)全部出口或者部分出口，不出口部分全部得到合法處理為結(jié)案標(biāo)志。海關(guān)受理報核后，在規(guī)定的核銷期限內(nèi)實施核銷，對不設(shè)立臺帳的，予以結(jié)案;對設(shè)立臺帳的，應(yīng)當(dāng)?shù)姐y行撤銷臺帳，然后結(jié)案。