1、與境外之間
海關對園區(qū)和境外之間進出貨物，實行“備案制管理”，填寫“進、出境貨物備案清單。”
除法律另有規(guī)定以外，不實行進出口配額、許可證件管理。
既具備保稅區(qū)的功能，又具備出口加工區(qū)的功能。既可以從事保稅物流，又可以從事保稅加工，還可以從事國際貿(mào)易，是海關綜合保稅監(jiān)管的特殊區(qū)域。
2、與境內(nèi)區(qū)外其他地區(qū)之間
(1)珠海園區(qū)貨物運往區(qū)外，視同進口。
由區(qū)內(nèi)企業(yè)填制“出境貨物備案清單”，區(qū)外收貨人填制“進口貨物報關單”向珠海園區(qū)主管海關辦理申報手續(xù)。
(2)進區(qū)，貨物從境內(nèi)區(qū)外進入珠海園區(qū)視同出口。