由于貨運代理人在完成委托出運事項后向委托人遲延交付單證(主要為核銷單及報關單)，委托人因此訴請交付單證和賠償損失的貨運代理合同糾紛案件，與貨運代理合同欠款糾紛中原告均為受托人、被告均為委托人恰相反，該類糾紛中的原告均為委托人(貨主)，被告均為受托人(貨運代理人)。
該類糾紛產(chǎn)生的原因大致可分為兩種情況：一是貨運代理人有意留存核銷單報關單以促使委托人及時償付代墊海運費、代理費等有關費用;二是貨運代理人并非有意留存單證，而是疏于及時交付單證。根據(jù)委托人的具體訴訟請求(交付單證、賠償損失、交付單證及賠償損失)，該類糾紛案件的案由可定為貨運代理合同交付單證糾紛、貨運代理合同損害賠償糾紛和貨運代理合同交付單證及損害賠償糾紛。
貨運代理人遲延交付單證的法律性質(zhì)
一般說來，貨主在貨物出口時需制作(出口)報關單以向海關進行貨物出口的申報，鑒于我國在對外貿(mào)易中施行出口退稅制度，貨主還需制作出口收匯核銷單，收匯成功后，貨主可以持收匯證明、報關單(出口退稅聯(lián))和核銷單向國家稅務局申請出口退稅。根據(jù)貨代實務中的操作慣例，貨主通常將報關單、核銷單與其他單證一并交給貨運代理人，貨運代理人代為報關后應在第一時間取得加蓋海關放行章的核銷單和報關單(出口退稅聯(lián))。
目前的司法實踐中，貨運代理人在貨物出運后應將核銷單報關單及時交付給委托人已成為共識。至于貨運代理人遲延交付單證行為的法律性質(zhì)，筆者認為，鑒于貨運代理人的義務之一就是代為報關，從而使委托人制作的報關單核銷單通過海關加蓋放行章產(chǎn)生法律上的效果。如果說報關行為是貨代合同的標的之一的話，則報關單核銷單是貨代合同得以履行不可或缺的要件之一。
我國《合同法》第404條“受托人處理委托事務取得的財產(chǎn)，應當轉(zhuǎn)交給委托人”的規(guī)定中的“財產(chǎn)”在貨運代理合同糾紛的法律適用中，應做擴大解釋而涵蓋前述核銷單報關單。因此貨運代理人在貨物出運后及時將報關單核銷單返還給委托人是其在貨運代理合同中的義務之一，其遲延返還的行為屬不及時履行合同義務的違約行為;同時，鑒于核銷單報關單自始至終均屬委托人所有，委托人將其交給貨運代理人僅是為了報關的需要，因此除非合同雙方就貨物出運后的單證返還事宜有過約定，報關完成后貨運代理人理所當然應將單證返還給委托人，其不及時返還的行為構成對委托人單證所有權的侵犯。
貨運代理人遲延交付單證是否違法
對于貨運代理人為促使委托人支付代墊費用及報酬而有意留存單證行為是否違法的問題，目前的司法實踐有肯定與否定兩種意見。筆者則認為，貨運代理人可以基于行使同時履行抗辯權而留存單證。所謂同時履行抗辯權，是指因契約而互負債務者，于他方當事人未為對待給付前，得拒絕自己的給付，而所謂互負債務，是指雙方所負債務具有對價關系。
在目前我國合同法未將貨運代理合同作為有名合同加以規(guī)定的情況下，貨代合同中雙方的權利義務只能參照適用委托合同的有關規(guī)定。有償委托作為雙務契約，受托人因處理委托事物所收取的金錢、物品，應交付委托人，此為受托人的利益交付義務，對此我國《合同法》第404條已有規(guī)定;而依據(jù)我國《合同法》第398條，委托人有向受托人償還代墊費用及其利息的義務，此為委托人的財產(chǎn)付出返還義務;受托人利益返還義務與委托人財產(chǎn)付出返還義務立于對價關系，得為同時履行抗辯主張。
因此，核銷單報關單作為貨運代理人處理委托事物所取得的“財產(chǎn)”或“物品”，貨運代理人雖負有返還義務，但在委托人履行代墊費用返還義務之前，其可以主張同時履行抗辯權而拒絕交付。
需要明確的是，在委托合同中，受托人處理事物給付義務與委托人報酬給付義務均為合同的主給付義務，兩者間立于對價關系，得為同時履行抗辯主張，但受托人的利益返還義務卻為從給付義務，與委托人支付報酬義務不具有對價關系，若委托人已返還代墊費用，僅是未支付報酬，則貨運代理人不可主張同時履行抗辯權而拒絕交付單證。因此前述案例中，Z公司關于J公司未向其返還代墊海運費的抗辯有理，而未支付貨代報酬的抗辯則于法無據(jù)。